形態学や古生物学で得られた知見をもとに考えると、コケ植物は最初の陸上植物の体制をよく残しています。
コケ植物と考えられる最古の化石はデボン紀から見つかっており、系統上は水中で生活する緑藻類とシダ植物などの陸上生活する維管束植物との間に位置すると考えられています。
このため、コケ植物は植物界の両生類ともいわれます。
最近の研究でも、コケ植物は緑藻類から陸上植物の祖先が現れてもっとも初期に分岐したと考えられる結果が得られています。
ただし、コケ植物が単系統群かどうかは現在でもわかっておらず、研究が進められています。
